Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d1x91a-
C-CCCCCHHHHCCCHHHHHHHHHHCCCCC--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC

>P1;d1xg2b1
CCHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCCCCHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--

>P1;d2cj4a-
-CHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC-CCC--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC--
PSA

>P1;d1x91a-
9-46257007509549206810874a055--81550056005202530560284056107a727971371064017306701-620650274087530a20372054027103401630680aa3384027206202200500210091069b

>P1;d1xg2b1
61810740055054491048106608828828144003200530271057038207713a71a6862481064047207802-810550372087352b2037304602710440273088828128604610450010010011007108--

>P1;d2cj4a-
-7a4056007705448301910473a506a0733200200052047405603920662386b25aa298206603800740166004504700677626601500570093056025309b7-911--03a10520340020030006422--


Translating the sequences
C-*****HHHHCCCHHHHHHHHH*CCC*C--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHH*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC**
CCHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCCCCH**CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--
-CHHHHHHHH*CCCHHHHHHHHHCC**HC*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH**HHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCC-CCC--*HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC--

101148.tem
_________________________________
CCHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCCCCHC*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--




Structural block scores
0	1	C	4.0	M	  42.0  3.5  41.0

2	10	H	4.3	M	  4.0  3.3  4.4

11	13	C	5.0	H	  4.7  3.0  3.0

14	22	H	5.0	H	  4.2  3.7  3.3

23	26	C	4.2	M	  5.4  5.5  6.4

30	31	C	4.5	M	  41.5  5.0  3.5

32	58	H	5.0	H	  2.8  2.8  2.7

59	63	C	4.6	H	  6.7  7.0  6.5

64	81	H	5.0	H	  3.5  3.8  4.3

83	94	H	4.8	H	  3.9  3.8  3.2

95	96	C	5.0	H	  4.0  4.0  6.5

97	117	H	5.0	H	  2.9  3.3  3.1

118	125	C	4.8	H	  5.1  4.6  14.2

126	148	H	4.8	H	  2.3  2.0  8.4

149	150	C	5.0	H	  3.0  4.0  2.0

151	152	-	4.0	M	  10.2  75.0  75.0

>>>>>>