Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1orja1 CCHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-- >P1;d3iqca- CCCCCCCC------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC----CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC >P1;d5mawe- -CCCCCCC------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC----CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC--CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----- PSA >P1;d1orja1 871110028994884740560073045007004301702743c769346416501640471044038603587065107701640470181074--a9153620570174037128404514763-- >P1;d3iqca- 29a18006------a280560171022026305503700678----45970562053036105501820259709a20860391066036107402855328204700730591084048327b508 >P1;d5mawe- -98886a8------0793562153054006205503601679----4485054005401710350276175a--6b7088108305303630340165443a10730383028226836972----- Translating the sequences CC****CC******C*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*HH*C*****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC**HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*--*CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***C-- CCCCCCCC------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC----CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC**C** -CCCCCCC------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC----CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC--***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----- 101116.tem _________________________________ CCCCCCCC------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC----CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC**C-- Structural block scores 0 7 C 4.4 M 2.5 4.6 16.6 8 13 - 4.0 M 7.7 75.0 75.0 14 15 C 4.5 M 5.5 6.2 3.5 16 39 H 5.0 H 2.7 2.9 3.2 40 41 C 4.5 M 3.5 7.5 8.0 42 45 - 4.0 M 8.6 75.0 75.0 47 66 H 5.0 H 3.4 3.5 3.0 67 71 C 4.6 H 4.4 3.6 5.9 72 73 * 2.7 P 3.5 3.5 75.0 74 96 H 4.7 H 10.0 4.0 3.8 97 99 C 4.7 H 5.0 4.3 4.3 100 120 H 5.0 H 3.3 3.6 4.4 122 123 * 2.7 P 6.5 9.2 75.0 125 126 - 4.0 M 75.0 4.0 75.0 >>>>>>