Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d1u00a1
CCC-CCHHHHHHHHHCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC---CHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCC

>P1;d3lofa1
------------------------CHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-------

>P1;d4f01a2
CCHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC---CHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHCC----------
PSA

>P1;d1u00a1
78a-9577789579555-76887762763383076128718811-75248206a94376047018505921898---73950701607419087336718552778779a

>P1;d3lofa1
------------------------936811650563058277046a929b7079943760261065027219735817375038126402820661479399a-------

>P1;d4f01a2
589a5576666568767777578731360377068308304750-8728b805a91485057107404810998---74750563284067317508839----------


Translating the sequences
CC*-**HHHHHHHHHC*-*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHH**CC---CHHHH*********HHHHHHHHHHH********
------------------------*HHHHHHHHHHHHH*******HHH***CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C***CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*-------
CC****HHHHHHHHHC***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC---CHHHHHHHHHHHHHH*HHHHH**----------

100934.tem
_________________________________
CC*-**HHHHHHHHHC*-*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC---CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*-------




Structural block scores
0	1	C	4.0	M	  7.5  75.0  6.5

4	5	*	2.7	P	  7.0  75.0  5.0

6	14	H	4.0	M	  7.1  75.0  6.3

19	43	H	4.5	M	  5.0  18.4  4.3

45	50	H	4.5	M	  4.7  8.2  7.4

51	52	C	5.0	H	  3.0  3.5  2.5

53	71	H	4.9	H	  4.7  4.2  4.4

72	73	C	4.5	M	  8.5  5.0  8.5

74	76	-	4.0	M	  75.0  4.7  75.0

78	101	H	4.4	M	  4.4  4.4  10.5

103	109	-	4.0	M	  7.9  75.0  75.0

>>>>>>