Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1h0za- -----------------CCCCCCCHHHHCHHHHCCCCCCCCCC--CCCCCCEECCCCCEEC--CHHHHHHHHHHHHHHHCCC-----------CCCCCCC >P1;d1hdla- -----------------C----CCCCCCCHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHC--HHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-------------------- >P1;d1iw4a- -------------------CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEECCC----CEE----EEC--CHHHHHHHCC--------CCCCC-CCCCCC------- >P1;d1ldtl- -----------------CCCC-CCC--------CCC---CCEECCCC------C----EEC--CHHHHHHHC-----------CCCCEECCCC--CCCCC >P1;d1nuba3 -----------------CCCHHHCC--------CCCCHHHCEEECCC------C----EEC--CHHHHHHHHHHCCCCHHHHHCCEEEECCCC--CC--- >P1;d1pcea- CCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--C----------CCC---CCEEECCC------C----EEC--CHHHHHHHHHHHCC-----CCCEEEECCC-------- >P1;d1r0ri- --CCCCCCCCC-----------CCC--------CCC---CCEEECCC------C----EEC--CHHHHHHHHHHCCC-----CCCEEEECCC-------- >P1;d1r0tb- CCCCHHHCCEEECCCCCEEE--CCC--------CCC---CCEEECCC------C----EEC--CHHHHHHHHHHHCC-----CCCEEECCCC-------- >P1;d2erwa1 -----------------CCC--CCC--------CCC---CCEEECCC------C----EEC--CHHHHHHHHHHCCC-----CCCEEEECCCCCCCCCCC PSA >P1;d1h0za- -----------------b9b8a575475078138316c47051--ba5c65280389851b--1203104410874578666-----------66ca58c >P1;d1hdla- -----------------b----ba5a46166068338d870306374846a7--9913--5136307404512778898d-------------------- >P1;d1iw4a- -------------------77762198a46273b77858500014ba----636----316--1024112825--------c0141-553726------- >P1;d1ldtl- -----------------9684-b06--------a68---63010680------7----115--043407128-----------2947877618--a508c >P1;d1nuba3 -----------------35649608--------92867742000468------7----425--242206032362895980780614373307--a7--- >P1;d1pcea- c4ba71340a1988384825--6----------977---71000346------7----214--04130010146587-----6030136676-------- >P1;d1r0ri- --280891669-----------919--------a66---71000458------6----214--152400211493b6-----8071457863-------- >P1;d1r0tb- a817387176653a777450--617--------a57---82000547------5----317--02040023156595-----a171658874-------- >P1;d2erwa1 -----------------732--70a--------996---52000438------6----006--14430520155738-----b0734576308789613b Translating the sequences -----------------C*C**CC*********CCC***CC**--CC******C****EEC--CHHHHHHHHHH********-----------******* -----------------C----CCC********CCC***CC***CC******--****--****HHHHHHHHHH******-------------------- -------------------C**CCC********CCC***C*EEECCC----***----EEC--CHHHHHHH**--------**CC*-**CCC*------- -----------------C*C*-CCC--------CCC---CCEE*CCC------C----EEC--CHHHHHHH*-----------CC**E*CCC*--***** -----------------C*C***CC--------CCC****CEEECCC------C----EEC--CHHHHHHHHHH*********CC**E*CCC*--**--- *****************C*C--C----------CCC---CCEEECCC------C----EEC--CHHHHHHHHHH***-----*CC**E*CCC-------- --*********-----------CCC--------CCC---CCEEECCC------C----EEC--CHHHHHHHHHH***-----*CC**E*CCC-------- ********************--CCC--------CCC---CCEEECCC------C----EEC--CHHHHHHHHHH***-----*CC**E*CCC-------- -----------------C*C--CCC--------CCC---CCEEECCC------C----EEC--CHHHHHHHHHH***-----*CC**E*CCC******** 100895.tem _________________________________ -----------------C*C*-CCC--------CCC***CCEEECCC------C----EEC--CHHHHHHHHHH***-----*CC**E*CCC*--**--- Structural block scores 0 16 - 4.2 M 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 6.2 38.2 6.1 75.0 22 24 C 4.6 H 5.7 9.0 3.0 5.8 4.7 52.0 6.3 4.7 5.8 25 32 - 4.0 M 4.4 4.9 6.2 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 33 35 C 5.0 H 4.0 4.7 8.5 8.2 6.3 7.7 7.5 7.5 8.0 36 38 * 3.6 M 7.5 9.8 7.0 75.0 6.7 75.0 75.0 75.0 75.0 39 40 C 4.7 H 3.5 3.5 2.5 4.5 3.0 4.0 4.0 5.0 3.5 41 43 E 4.3 M 27.0 3.0 0.3 0.3 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 44 46 C 4.8 H 32.3 4.7 8.7 4.7 6.0 4.3 5.7 5.3 5.0 47 52 - 4.3 M 6.4 18.4 51.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 54 57 - 4.4 M 7.0 5.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 58 59 E 4.7 H 3.0 75.0 2.0 1.0 3.0 1.5 1.5 2.0 0.0 61 62 - 4.7 H 75.0 2.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 64 73 H 4.8 H 2.3 3.3 10.0 17.9 2.8 2.0 2.8 2.3 2.9 74 76 * 2.2 P 5.3 7.7 75.0 75.0 6.3 6.7 6.8 6.3 6.0 77 81 - 4.1 M 6.6 36.1 62.5 75.0 5.8 75.0 75.0 75.0 75.0 83 84 C 4.5 M 75.0 75.0 2.5 5.5 3.0 1.5 3.5 4.0 3.5 85 86 * 2.5 P 75.0 75.0 38.0 5.5 2.5 0.5 2.5 3.5 3.5 89 91 C 4.5 M 75.0 75.0 4.0 4.7 2.0 6.3 5.7 6.3 3.0 93 94 - 4.4 M 6.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 7.5 95 96 * 3.6 M 11.5 75.0 75.0 7.8 8.8 75.0 75.0 75.0 7.5 97 99 - 4.0 M 8.5 75.0 75.0 6.8 75.0 75.0 75.0 75.0 5.2 >>>>>>