| Genome Name | No of Superfamily |
| Xaniothrips xantes | 2 |
| Xanthidium subhastiferum | 2 |
| Xanthium sp. | 2 |
| Xanthobacter autotrophicus | 5 |
| Xanthobacter flavus | 10 |
| Xanthobacter sp. Py2 | 7 |
| Xanthoceras sorbifolium | 10 |
| Xanthocercis zambesiaca | 2 |
| Xantholobus muticus | 2 |
| Xanthomonas albilineans | 6 |
| Xanthomonas arboricola | 1 |
| Xanthomonas axonopodis | 529 |
| Xanthomonas campestris | 602 |
| Xanthomonas citri | 543 |
| Xanthomonas hyacinthi | 1 |
| Xanthomonas oryzae | 24 |
| Xanthomonas phage Cf1c | 1 |
| Xanthomonas sp. | 2 |
| Xanthomonas sp. AK | 1 |
| Xanthomonas sp. T22 | 1 |
| Xanthomonas translucens | 2 |
| Xanthonema debile | 2 |
| Xanthophyllomyces dendrorhous | 11 |
| Xanthophyllum sp. 'Coode 7760 K' | 5 |
| Xanthophytum capitellatum | 2 |
| Xanthorhiza simplicissima | 5 |
| Xanthorrhoea australis | 3 |
| Xanthorrhoea hostilis | 2 |
| Xanthorrhoea minor | 2 |
| Xanthorrhoea quadrangulata | 3 |
| Xanthosoma mafaffa | 2 |
| Xanthosoma sagittifolium | 2 |
| Xenopus borealis | 5 |
| Xenopus laevis | 394 |
| Xenopus ruwenzoriensis | 1 |
| Xenopus sp. | 9 |
| Xenopus tropicalis | 15 |
| Xenorhabdus bovienii | 4 |
| Xenorhabdus nematophila | 31 |
| Xenostegia tridentata | 5 |
| Xenotropic murine leukemia virus | 1 |
| Xeralictus bicuspidariae | 2 |
| Xeroderris chevalieri | 2 |
| Xeroderris stuhlmannii | 2 |
| Xeronema callistemon | 5 |
| Xerophyllum asphodeloides | 2 |
| Xerophyllum tenax | 5 |
| Xerophyta viscosa | 2 |
| Xerorchis amazonica | 2 |
| Xerosicyos danguyi | 3 |
| Xerosicyos decaryi | 2 |
| Xestia c-nigrum granulovirus | 14 |
| Xiphias gladius | 2 |
| Xiphocolaptes major | 1 |
| Xiphophorus hellerii | 7 |
| Xiphophorus maculatus | 18 |
| Xiphophorus maculatus x Xiphophorus helleri | 2 |
| Xiphophorus xiphidium | 5 |
| Xiphopteris okuboi | 2 |
| Xolmis pyrope | 1 |
| Xylaria sp. BCC 1067 | 1 |
| Xyleborinus intersetosus | 1 |
| Xyleborinus saxeni | 1 |
| Xyleborus affinis | 1 |
| Xyleborus annexus | 1 |
| Xyleborus biuncus | 1 |
| Xyleborus cf. subdentatus SCY48 | 1 |
| Xyleborus dolosus | 1 |
| Xyleborus fallax | 1 |
| Xyleborus insulindicus | 1 |
| Xyleborus justus | 1 |
| Xyleborus meritus | 1 |
| Xyleborus metacuneolus | 1 |
| Xyleborus multispinatus | 1 |
| Xyleborus pfeili | 1 |
| Xyleborus pseudopilifer | 1 |
| Xyleborus semipunctatus | 1 |
| Xyleborus sphenos | 1 |
| Xylechinosomus valdivianus | 2 |
| Xylella fastidiosa | 529 |
| Xylobium sp. KMC1998 | 2 |
| Xylocopa acutipennis | 1 |
| Xylocopa appendiculata | 1 |
| Xylocopa aruana | 1 |
| Xylocopa auripennis | 1 |
| Xylocopa bombylans | 1 |
| Xylocopa erythrina | 1 |
| Xylocopa flavorufa | 1 |
| Xylocopa frontalis | 1 |
| Xylocopa gualanensis | 1 |
| Xylocopa iris | 1 |
| Xylocopa micans | 1 |
| Xylocopa micheneri | 1 |
| Xylocopa nigrita | 1 |
| Xylocopa olivieri | 1 |
| Xylocopa pubescens | 1 |
| Xylocopa scioensis | 1 |
| Xylocopa sicheli | 1 |
| Xylocopa sulcatipes | 1 |
| Xylocopa tabaniformis | 1 |
| Xylocopa tranquebarica | 1 |
| Xylocopa truxali | 1 |
| Xylocopa varipuncta | 1 |
| Xylocopa violacea | 1 |
| Xylocopa virginica | 1 |
| Xylomelum pyriforme | 2 |
| Xylomelum scottianum | 3 |
| Xylophanes falco | 1 |
| Xylosandrus cf. zimmermanni SCY05 | 1 |
| Xylosandrus crassiusculus | 1 |
| Xylosandrus mancus | 1 |
| Xylosandrus mutilatus | 1 |
| Xylosandrus n. sp. BHJ-2002 | 1 |
| Xylosandrus sp. SCY05 | 1 |
| Xylosma buxifolium | 2 |
| Xyloterinus politus | 1 |
| Xylotheca kraussiana | 2 |
| Xymalos monospora | 2 |
| Xyris capensis | 4 |
| Xyris involucrata | 5 |
| Xyris sp. Chase 154 | 5 |
