| Genome Name | No of Superfamily |
| Labeo rohita | 2 |
| Labidochromis caeruleus | 2 |
| Labidura riparia | 1 |
| Labordia tinifolia | 2 |
| Laburnum alpinum | 1 |
| Lacanobia oleracea | 1 |
| Laccaria bicolor | 8 |
| Laccospadix australasica | 2 |
| Lachesis muta | 4 |
| Lachnaea axillaris | 2 |
| Lachnaea ericoides | 2 |
| Lachnaea filicaulis | 2 |
| Lachnocaulon anceps | 5 |
| Lachnostylis bilocularis | 2 |
| Lachnus roboris | 1 |
| Lachnus shiicola | 2 |
| Lachnus takahashii | 1 |
| Lachnus tropicalis | 1 |
| Lacinipolia renigera | 1 |
| Lacistema aggregatum | 2 |
| Lacistorhynchus tenuis | 1 |
| La Crosse virus | 1 |
| Lactobacillus acidophilus | 23 |
| Lactobacillus agilis | 1 |
| Lactobacillus amylophilus | 1 |
| Lactobacillus amylovorus | 3 |
| Lactobacillus bacteriophage phi adh | 3 |
| Lactobacillus brevis | 14 |
| Lactobacillus casei | 52 |
| Lactobacillus collinoides | 3 |
| Lactobacillus coryniformis | 1 |
| Lactobacillus crispatus | 2 |
| Lactobacillus curvatus | 3 |
| Lactobacillus delbrueckii | 56 |
| Lactobacillus fermentum | 12 |
| Lactobacillus gallinarum | 2 |
| Lactobacillus gasseri | 325 |
| Lactobacillus graminis | 1 |
| Lactobacillus helveticus | 25 |
| Lactobacillus hilgardii | 1 |
| Lactobacillus jensenii | 2 |
| Lactobacillus johnsonii | 424 |
| Lactobacillus leichmannii | 7 |
| Lactobacillus letivazi | 1 |
| Lactobacillus malefermentans | 1 |
| Lactobacillus mali | 1 |
| Lactobacillus manihotivorans | 1 |
| Lactobacillus murinus | 1 |
| Lactobacillus paracasei | 7 |
| Lactobacillus paraplantarum | 1 |
| Lactobacillus pentosus | 12 |
| Lactobacillus plantarum | 447 |
| Lactobacillus reuteri | 24 |
| Lactobacillus rhamnosus | 11 |
| Lactobacillus ruminis | 1 |
| Lactobacillus sakei | 46 |
| Lactobacillus salivarius | 1 |
| Lactobacillus sanfranciscensis | 8 |
| Lactobacillus sharpeae | 1 |
| Lactobacillus sp. | 4 |
| Lactobacillus sp. 30A | 4 |
| Lactobacillus suebicus | 1 |
| Lactobacillus vaccinostercus | 1 |
| Lactobacillus zeae | 6 |
| Lactococcus bacteriophage 4268 | 3 |
| Lactococcus garvieae | 5 |
| Lactococcus lactis | 522 |
| Lactococcus phage bIL67 | 2 |
| Lactococcus phage BK5-T | 4 |
| Lactococcus phage c2 | 1 |
| Lactoris fernandeziana | 8 |
| Lactuca sativa | 22 |
| Lacunaria jenmanii | 2 |
| Ladenbergia pavonii | 2 |
| Laetmonice sp. | 2 |
| Lagarosiphon madagascariensis | 2 |
| Lagarosiphon major | 2 |
| Lagarosiphon muscoides | 2 |
| Lagarostrobos franklinii | 2 |
| Lagenaria siceraria | 2 |
| Lagenorhynchus obscurus | 1 |
| Lagerstroemia speciosa | 2 |
| Lagopus lagopus | 2 |
| Lagopus leucurus | 2 |
| Lagopus mutus | 2 |
| Lagostomus maximus | 1 |
| Lagothrix lagotricha | 3 |
| Laguna Negra virus | 1 |
| Lake Victoria marburgvirus | 1 |
| Lama glama | 8 |
| Lama guanicoe | 3 |
| Lama pacos | 4 |
| Lambdina fiscellaria | 2 |
| Lambertia formosa | 3 |
| Lambertia inermis | 5 |
| Lamb rotavirus | 2 |
| Lamellibrachia sp. | 3 |
| Laminaria angustata | 1 |
| Laminaria digitata | 23 |
| Laminaria saccharina | 1 |
| Laminariocolax tomentosoides | 2 |
| Lamium album | 3 |
| Lamium amplexicaule | 3 |
| Lamium galeobdolon | 2 |
| Lamium garganicum | 2 |
| Lamium maculatum | 2 |
| Lamium purpureum | 4 |
| Lamium sp. 'Qiu 95015' | 1 |
| Lamna ditropis | 3 |
| Lamourouxia viscosa | 1 |
| Lampanyctus crocodilus | 1 |
| Lampetra fluviatilis | 10 |
| Lampetra planeri | 1 |
| Lampris guttatus | 1 |
| Lamprocapnos spectabilis | 2 |
| Lamprothamnium macropogon | 4 |
| Lampyris noctiluca | 1 |
| Lanaria lanata | 5 |
| Landoltia punctata | 2 |
| Laneosoares inermis | 2 |
| Langat virus | 3 |
| Lanius ludovicianus | 2 |
| Lantana camara | 3 |
| Laodelphax striatellus yeast-like symbiont | 1 |
| Lapageria rosea | 5 |
| Lapara coniferarum | 3 |
| Lapeirousia neglecta | 3 |
| Lapemis hardwickii | 9 |
| Laplacea alpestris | 2 |
| Laplacea fruticosa | 2 |
| Laplacea portoricensis | 2 |
| Lardizabala biternata | 6 |
| Larix decidua | 3 |
| Larix kaempferi | 2 |
| Larix laricina | 3 |
| Larix leptolepis | 2 |
| Larrea ameghinoi | 2 |
| Larrea cuneifolia | 2 |
| Larrea divaricata | 2 |
| Larrea nitida | 2 |
| Larrea tridentata | 3 |
| Larus argentatus | 1 |
| Larus fuscus | 1 |
| Larus ridibundus | 3 |
| Lasaea australis | 1 |
| Lasianthus pedunculatus | 2 |
| Lasia spinosa | 2 |
| Lasiocampa quercus | 2 |
| Lasiocarpus sp. Anderson 13834 | 2 |
| Lasiodiscus mildbraedii | 2 |
| Lasioglossum albipes | 2 |
| Lasioglossum albocinctum | 2 |
| Lasioglossum alphenum | 2 |
| Lasioglossum apristum | 2 |
| Lasioglossum athabascense | 2 |
| Lasioglossum brevicorne | 2 |
| Lasioglossum callizonium | 2 |
| Lasioglossum cinctipes | 2 |
| Lasioglossum cognatum | 2 |
| Lasioglossum comagenense | 2 |
| Lasioglossum conspicuum | 2 |
| Lasioglossum convexum | 2 |
| Lasioglossum coriaceum | 2 |
| Lasioglossum cressonii | 2 |
| Lasioglossum desertum | 2 |
| Lasioglossum erythrurum | 2 |
| Lasioglossum figueresi | 2 |
| Lasioglossum florale | 2 |
| Lasioglossum fuscipenne | 2 |
| Lasioglossum gattaca | 2 |
| Lasioglossum gundlachii | 2 |
| Lasioglossum hyalinum | 2 |
| Lasioglossum hybodinum | 2 |
| Lasioglossum imitatum | 2 |
| Lasioglossum inconditum | 2 |
| Lasioglossum interruptum | 2 |
| Lasioglossum laevigatum | 2 |
| Lasioglossum lanarium | 2 |
| Lasioglossum laticeps | 2 |
| Lasioglossum leucozonium | 2 |
| Lasioglossum lineare | 2 |
| Lasioglossum lithuscum | 2 |
| Lasioglossum lustrans | 3 |
| Lasioglossum majus | 2 |
| Lasioglossum malachurum | 2 |
| Lasioglossum mediopolitum | 2 |
| Lasioglossum mediterraneum | 2 |
| Lasioglossum megastigmus | 2 |
| Lasioglossum mirandum | 2 |
| Lasioglossum morio | 2 |
| Lasioglossum oenotherae | 2 |
| Lasioglossum olgae | 2 |
| Lasioglossum parasphecodum | 2 |
| Lasioglossum parvum | 2 |
| Lasioglossum pavonotum | 2 |
| Lasioglossum politum | 2 |
| Lasioglossum punctatum | 2 |
| Lasioglossum puncticolle | 2 |
| Lasioglossum quebecense | 2 |
| Lasioglossum scitulum | 2 |
| Lasioglossum sexnotatum | 2 |
| Lasioglossum sisymbrii | 2 |
| Lasioglossum sp. 'Cobboboonee' | 2 |
| Lasioglossum sp. NDA1-A | 2 |
| Lasioglossum supralucens | 2 |
| Lasioglossum titusi | 2 |
| Lasioglossum umbripenne | 2 |
| Lasioglossum vierecki | 2 |
| Lasioglossum villosulum | 3 |
| Lasioglossum zephyrum | 2 |
| Lasionectes exleyi | 1 |
| Lasiopetalum sp. Chase 2195 | 3 |
| Lassa virus | 2 |
| Lates calcarifer | 2 |
| Lathraea clandestina | 7 |
| Lathyrus aphaca | 1 |
| Lathyrus nissolia | 1 |
| Lathyrus ochrus | 2 |
| Lathyrus sativus | 2 |
| Lathyrus sphaericus | 1 |
| Lathyrus tuberosus | 3 |
| Laticauda colubrina | 2 |
| Laticauda crockeri | 1 |
| Laticauda laticaudata | 3 |
| Laticauda semifasciata | 4 |
| Latimeria chalumnae | 6 |
| Latrodectus mactans | 1 |
| Latrodectus tredecimguttatus | 2 |
| Laurelia novae-zelandiae | 5 |
| Laurelia sempervirens | 2 |
| Laureliopsis philippiana | 3 |
| Laurencia cf. perforata | 1 |
| Laurencia obtusa | 2 |
| Laurencia perforata | 1 |
| Laurencia pinnatifida | 2 |
| Laurencia sp. 'amarilla' | 1 |
| Laurencia thyrsifera | 2 |
| Laurus nobilis | 6 |
| Lavandula angustifolia | 2 |
| Lavandula bipinnata | 3 |
| Lavandula lanata | 2 |
| Lavatera acerifolia | 5 |
| Lavatera thuringiaca | 2 |
| Lavoisiera cordata | 2 |
| Lawsonia inermis | 2 |
| Lawsonia intracellularis | 4 |
| Leandra mexicana | 2 |
| Leavenworthia crassa | 4 |
| Leavenworthia stylosa | 2 |
| Leavenworthia uniflora | 3 |
| Lebetanthus myrsinites | 1 |
| Lebronnecia kokioides | 1 |
| Lecanopteris carnosa | 2 |
| Lecanopteris celebica | 2 |
| Lecanopteris lomarioides | 2 |
| Lecanopteris mirabilis | 2 |
| Lecanopteris pumila | 2 |
| Lecanopteris sinuosa | 2 |
| Lecanopteris spinosa | 2 |
| Lechenaultia heteromera | 2 |
| Lechevalieria aerocolonigenes | 6 |
| Lecythis prancei | 2 |
| Ledebouria socialis | 5 |
| Leea guineensis | 5 |
| Leek white stripe virus | 1 |
| Leersia oryzoides | 5 |
| Legionella adelaidensis | 1 |
| Legionella anisa | 1 |
| Legionella beliardensis | 1 |
| Legionella birminghamensis | 1 |
| Legionella brunensis | 2 |
| Legionella cherrii | 1 |
| Legionella cincinnatiensis | 1 |
| Legionella drancourtii | 1 |
| Legionella drozanskii | 1 |
| Legionella erythra | 1 |
| Legionella fairfieldensis | 1 |
| Legionella fallonii | 1 |
| Legionella feeleii | 2 |
| Legionella gratiana | 1 |
| Legionella gresilensis | 1 |
| Legionella hackeliae | 1 |
| Legionella israelensis | 1 |
| Legionella jamestowniensis | 1 |
| Legionella jordanis | 1 |
| Legionella lansingensis | 1 |
| Legionella londiniensis | 1 |
| Legionella longbeachae | 5 |
| Legionella lytica | 1 |
| Legionella moravica | 1 |
| Legionella nautarum | 1 |
| Legionella oakridgensis | 2 |
| Legionella parisiensis | 2 |
| Legionella pneumophila | 73 |
| Legionella quateirensis | 1 |
| Legionella quinlivanii | 1 |
| Legionella rowbothamii | 1 |
| Legionella rubrilucens | 1 |
| Legionella sainthelensi | 1 |
| Legionella santicrucis | 1 |
| Legionella shakespearei | 1 |
| Legionella sp. A | 1 |
| Legionella sp. ATCC51913 | 1 |
| Legionella sp. B | 1 |
| Legionella sp. D | 1 |
| Legionella sp. E | 1 |
| Legionella sp. G | 1 |
| Legionella sp. H | 1 |
| Legionella sp. I | 1 |
| Legionella spiritensis | 1 |
| Legionella sp. K | 1 |
| Legionella sp. L | 1 |
| Legionella steigerwaltii | 4 |
| Legionella taurinensis | 1 |
| Legionella tucsonensis | 1 |
| Legionella wadsworthii | 1 |
| Legionella waltersii | 1 |
| Legionella worsleiensis | 1 |
| Leibnitzia anandria | 1 |
| Leiomela bartramioides | 3 |
| Leioproctus sp. BND-2001 | 2 |
| Leiostomus xanthurus | 1 |
| Leipoa ocellata | 1 |
| Leishmania aethiopica | 1 |
| Leishmania amazonensis | 29 |
| Leishmania braziliensis | 11 |
| Leishmania donovani | 73 |
| Leishmania enriettii | 1 |
| Leishmania guyanensis | 1 |
| Leishmania infantum | 35 |
| Leishmania major | 226 |
| Leishmania mexicana | 34 |
| Leishmania panamensis | 2 |
| Leishmania pifanoi | 2 |
| Leishmania tarentolae | 9 |
| Leishmania tropica | 9 |
| Leishmania turanica | 1 |
| Leitneria floridana | 2 |
| Leiurus quinquestriatus | 3 |
| Lelya prostrata | 2 |
| Lemanea borealis | 2 |
| Lemanea fluviatilis | 2 |
| Lemanea fucina | 2 |
| Lembophyllum divulsum | 1 |
| Lemmaphyllum carnosum | 2 |
| Lemna aequinoctialis | 2 |
| Lemna disperma | 2 |
| Lemna gibba | 3 |
| Lemna japonica | 2 |
| Lemna minor | 3 |
| Lemna minuta | 2 |
| Lemna paucicostata | 1 |
| Lemna perpusilla | 2 |
| Lemna tenera | 2 |
| Lemna trisulca | 2 |
| Lemna turionifera | 2 |
| Lemna yungensis | 2 |
| Lemonia dumi | 2 |
| Lemur catta | 10 |
| Lemurophoenix halleuxii | 2 |
| Lens culinaris | 13 |
| Lens ervoides | 2 |
| Lens nigricans | 1 |
| Lens odemensis | 1 |
| Lentinula edodes | 18 |
| Leonia glycycarpa | 2 |
| Leontochir ovallei | 2 |
| Leontopithecus chrysomelas | 1 |
| Leontopithecus chrysopygus | 1 |
| Leontopithecus rosalia | 2 |
| Leopardus pardalis | 3 |
| Leopardus tigrinus | 1 |
| Leopardus wiedii | 1 |
| Leopoldamys edwarsi | 1 |
| Leopoldinia pulchra | 2 |
| Lepas anatifera | 1 |
| Lepeophtheirus salmonis | 3 |
| Lepetodrilus fucensis | 1 |
| Lepidagathis villosa | 2 |
| Lepidium campestre | 1 |
| Lepidium virginicum | 3 |
| Lepidobatrachus laevis | 1 |
| Lepidobolus chaetocephalus | 2 |
| Lepidobotrys staudtii | 2 |
| Lepidochitona caverna | 1 |
| Lepidocolaptes angustirostris | 1 |
| Lepidodactylus lugubris | 1 |
| Lepidoglyphus destructor | 6 |
| Lepidonotothen nudifrons | 2 |
| Lepidopilum scabrisetum | 1 |
| Lepidopilum surinamense | 1 |
| Lepidosiren paradoxa | 5 |
| Lepidothamnus fonkii | 2 |
| Lepidothamnus laxifolius | 2 |
| Lepidozia reptans | 2 |
| Lepidurus apus | 2 |
| Lepilaena australis | 2 |
| Lepilemur mustelinus | 1 |
| Lepionurus sylvestris | 1 |
| Lepironia articulata | 2 |
| Lepisorus thunbergianus | 2 |
| Lepisosteus osseus | 2 |
| Lepistemon owariensis | 5 |
| Lepocinclis ovata | 3 |
| Lepomis macrochirus | 1 |
| Leporid herpesvirus 1 | 1 |
| Leptactina platyphylla | 2 |
| Leptailurus serval | 1 |
| Leptarrhena pyrolifolia | 2 |
| Leptestheria dahalacensis | 2 |
| Lepthyphantes minutus | 1 |
| Leptinotarsa decemlineata | 9 |
| Leptobryum pyriforme | 3 |
| Leptobryum stellatum | 2 |
| Leptobryum wilsonii | 2 |
| Leptocarpus chilensis | 2 |
| Leptocarpus similis | 2 |
| Leptocarpus tenax | 2 |
| Leptochiton quitoensis | 2 |
| Leptocladia conferta | 2 |
| Leptoderris fasciculata | 2 |
| Leptodora kindtii | 2 |
| Leptogramma tottoides | 1 |
| Leptolepia novae-zelandiae | 2 |
| Leptomonas collosoma | 1 |
| Leptonema salvini | 2 |
| Leptonematella fasciculata | 2 |
| Leptonychia pallida | 3 |
| Leptonychotes weddellii | 1 |
| Leptopeza sp. NCSU-99071981 | 1 |
| Leptoplana tremellaris | 1 |
| Leptopoma perlucida | 1 |
| Leptopteris hymenophylloides | 2 |
| Leptopteris wilksiana | 2 |
| Leptosira erumpens | 2 |
| Leptosphaeria maculans | 13 |
| Leptospira biflexa | 7 |
| Leptospira borgpetersenii | 4 |
| Leptospira interrogans | 488 |
| Leptospira meyeri | 1 |
| Leptospira sp. | 1 |
| Leptospira sp. 1342 K | 1 |
| Leptospira sp. Akiyami A | 1 |
| Leptospira sp. Bangkinang 1 | 1 |
| Leptospira sp. Castellon 3 | 1 |
| Leptospira sp. Kremastos | 1 |
| Leptostomum macrocarpum | 3 |
| Leptotheca boliviana | 1 |
| Leptotheca gaudichaudii | 1 |
| Leptothorax acervorum | 1 |
| Leptothrix cholodnii | 1 |
| Leptothrix discophora | 1 |
| Leptoxyleborus cincinnatus | 1 |
| Leptoxyphium fumago | 2 |
| Lepuropetalon spathulatum | 4 |
| Lepus californicus | 1 |
| Lepus capensis | 1 |
| Lepus crawshayi | 2 |
| Lepus europaeus | 3 |
| Lepyrodia glauca | 2 |
| Lepyrodon pseudolagurus | 1 |
| Lerchea bracteata | 2 |
| Leschenaultia adusta | 1 |
| Leskea gracilescens | 1 |
| Leskeodon cubensis | 1 |
| Lespedeza cuneata | 2 |
| Lespesia archippivora | 1 |
| Lespesia cuculliae | 1 |
| Lespesia datanarum | 1 |
| Lessonia rufa | 1 |
| Lestodelphys halli | 1 |
| Lethedon setosa | 2 |
| Lethedon sp. McPherson 5912 | 2 |
| Lethenteron japonicum | 15 |
| Lethenteron reissneri | 8 |
| Lettuce mosaic virus | 1 |
| Leucadendron laureolum | 2 |
| Leucadendron salignum | 3 |
| Leucaena leucocephala | 4 |
| Leucania separata nuclear polyhedrosis virus | 2 |
| Leucanthiza amphicarpeaefoliella | 1 |
| Leuciscus cephalus | 1 |
| Leucobryum albidum | 1 |
| Leucobryum antillarum | 1 |
| Leucobryum glaucum | 1 |
| Leucobryum martianum | 2 |
| Leucobryum sanctum | 3 |
| Leucobryum scabrum | 2 |
| Leucobryum tahitense | 3 |
| Leucocoryne coquimbensis | 2 |
| Leucocoryne pauciflora | 2 |
| Leucodon andrewsianus | 1 |
| Leucodon atrovirens | 2 |
| Leucodon brachypus | 1 |
| Leucodon julaceus | 2 |
| Leucodon nipponicus | 2 |
| Leucodon secundus | 2 |
| Leucodon sohayakiensis | 2 |
| Leucodon temperatus | 2 |
| Leucolepis menziesii | 4 |
| Leucoloma humbertii | 3 |
| Leucoloma rutenbergii | 3 |
| Leucoloma serrulatum | 3 |
| Leucoloma sp. La Farge 5555 | 2 |
| Leucoloma zeyheri | 1 |
| Leucomium strumosum | 1 |
| Leuconostoc citreum | 1 |
| Leuconostoc lactis | 8 |
| Leuconostoc mesenteroides | 357 |
| Leuconostoc oenos bacteriophage 10MC | 1 |
| Leuconycta diptheroides | 1 |
| Leucophaea maderae | 2 |
| Leucophanes albescens | 3 |
| Leucophanes glaucum | 3 |
| Leucophanes seychellarum | 1 |
| Leucophyllum frutescens | 4 |
| Leucopogon fraseri | 2 |
| Leucopogon gibbosus | 2 |
| Leucopogon microphyllus | 2 |
| Leucopogon muticus | 2 |
| Leucopsarion petersii | 1 |
| Leucothoe axillaris | 1 |
| Leucothoe fontanesiana | 2 |
| Leucothoe racemosa | 2 |
| Leucothrix mucor | 1 |
| Levenhookia leptantha | 2 |
| Levenhookia pauciflora | 5 |
| Lewia infectoria | 2 |
| Leycesteria formosa | 2 |
| Leymus chinensis | 2 |
| Liancalus sp. NCSU-95051152 | 2 |
| Libanotis coreana | 2 |
| Libellula pulchella | 3 |
| Libertia formosa | 1 |
| Libertia ixioides | 2 |
| Libinia emarginata | 3 |
| Libocedrus plumosa | 2 |
| Licania tomentosa | 5 |
| Licuala grandis | 5 |
| Licuala kunstleri | 2 |
| Ligusticum chuanxiong | 2 |
| Ligusticum jeholense | 2 |
| Ligusticum scoticum | 2 |
| Ligusticum sinense | 2 |
| Ligustrum japonicum | 1 |
| Ligustrum vulgare | 2 |
| Lilaea scilloides | 2 |
| Lilaeopsis carolinensis | 2 |
| Lilaeopsis mauritiana | 2 |
| Lilaeopsis novae-zelandiae | 2 |
| Lilium alexandrae | 2 |
| Lilium bulbiferum | 2 |
| Lilium candidum | 2 |
| Lilium columbianum | 2 |
| Lilium formosanum | 2 |
| Lilium hansonii | 2 |
| Lilium henryi | 2 |
| Lilium hybrid division I | 1 |
| Lilium hybrid division VII | 1 |
| Lilium longiflorum | 28 |
| Lilium medeoloides | 2 |
| Lilium philadelphicum | 2 |
| Lilium regale | 1 |
| Lilium superbum | 5 |
| Lily symptomless virus | 1 |
| Limanda limanda | 1 |
| Limax flavus | 1 |
| Limestone Canyon virus | 1 |
| Limeum sp. Hoot 983 | 3 |
| Limnadia lenticularis | 2 |
| Limnadopsis birchii | 2 |
| Limnanthes douglasii | 4 |
| Limnephilus externus | 1 |
| Limnephilus sp. T20 | 3 |
| Limnobium spongia | 2 |
| Limnocharis flava | 2 |
| Limnonectes corrugatus | 1 |
| Limnonectes kuhlii | 1 |
| Limnophyes minimus | 1 |
| Limoniastrum guyonianum | 2 |
| Limoniastrum monopetalum | 2 |
| Limonium arborescens | 3 |
| Limonium axillare | 2 |
| Limonium caesium | 2 |
| Limonium dendroides | 2 |
| Limonium dufourii | 2 |
| Limonium furfuraceum | 2 |
| Limonium mouretii | 2 |
| Limonium narbonense | 2 |
| Limonium rigualii | 2 |
| Limonium sinuatum | 2 |
| Limonium spectabile | 2 |
| Limonium tenellum | 2 |
| Limonium vulgare | 2 |
| Limulus polyphemus | 23 |
| Limulus sp. | 1 |
| Lindackeria sp. Pennington and Zamora 592 | 3 |
| Lindenbergia philippinensis | 3 |
| Lindenbergia sp. Thulin 8079 | 3 |
| Linderina pennispora | 2 |
| Lindleya mespiloides | 2 |
| Lindsaea ensifolia | 2 |
| Lindsaea odorata | 2 |
| Lindsaea parasitica | 3 |
| Lineus sanguineus | 2 |
| Lineus viridis | 1 |
| Lingula anatina | 2 |
| Lingula reevii | 1 |
| Linnaea borealis | 3 |
| Linospadix longicruris | 3 |
| Linospadix monostachya | 2 |
| Linum perenne | 2 |
| Linum sp. Qiu96175 | 2 |
| Linum usitatissimum | 12 |
| Liodrosophila aerea | 2 |
| Liolophura japonica | 4 |
| Liophis miliaris | 1 |
| Liparis liliifolia | 2 |
| Liparthrum nigrescens | 1 |
| Lipocarpha microcephala | 3 |
| Lipocarpha nana | 3 |
| Lipomyces starkeyi | 1 |
| Liposcelis sp. RP01 | 1 |
| Lipotes vexillifer | 2 |
| Lipotriches australica | 2 |
| Liquidambar formosana | 2 |
| Liquidambar styraciflua | 9 |
| Liriodendron chinense | 5 |
| Liriodendron tulipifera | 8 |
| Liriomyza bryoniae | 2 |
| Liriomyza huidobrensis | 2 |
| Liriomyza sativae | 1 |
| Liriomyza trifolii | 1 |
| Liriope muscari | 3 |
| Liriope platyphylla | 2 |
| Lissocarpa benthamii | 2 |
| Lissocarpa guianensis | 5 |
| Listera ovata | 1 |
| Listera smallii | 2 |
| Listeria grayi | 6 |
| Listeria innocua | 554 |
| Listeria ivanovii | 13 |
| Listeria monocytogenes | 567 |
| Listeria phage 2389 | 4 |
| Listeria seeligeri | 11 |
| Listeria welshimeri | 4 |
| Listonella anguillarum | 33 |
| Listonella pelagia | 7 |
| Listriolobus pelodes | 1 |
| Litchi chinensis | 1 |
| Lithachne humilis | 3 |
| Lithacodia musta | 1 |
| Lithobius atkinsoni | 1 |
| Lithobius forficatus | 5 |
| Lithobius sydneyensis | 1 |
| Lithocarpus glaber | 2 |
| Lithognathus mormyrus | 2 |
| Lithophane hemina | 3 |
| Lithops sp. | 2 |
| Lithospermum erythrorhizon | 12 |
| Litobothrium amplifica | 1 |
| Litobothrium janovyi | 1 |
| Litocranius walleri | 1 |
| Litomosoides sigmodontis | 7 |
| Litopenaeus stylirostris | 4 |
| Litopenaeus vannamei | 9 |
| Litosiphon pusillus | 2 |
| Litsea japonica | 3 |
| Littorina littorea | 1 |
| Littorina plena | 1 |
| Littorina saxatilis | 1 |
| Littorina scutulata | 1 |
| Livistona chinensis | 2 |
| Livistona speciosa | 5 |
| Liza aurata | 2 |
| Liza saliens | 1 |
| Ljungan virus | 2 |
| Llavea cordifolia | 2 |
| Lloydia serotina | 5 |
| Lobelia cardinalis | 2 |
| Lobelia erinus | 2 |
| Lobelia nicotianifolia | 2 |
| Lobelia sp. | 2 |
| Lobomonas monstruosa | 4 |
| Lobopterella dimidiatipes | 1 |
| Lochmias nematura | 1 |
| Locusta migratoria | 24 |
| Lodoicea maldivica | 2 |
| Loepa sikkima | 3 |
| Loeskeobryum brevirostre | 1 |
| Loeskeobryum cavifolium | 2 |
| Logania vaginalis | 3 |
| Loligo bleekeri | 3 |
| Loligo forbesi | 15 |
| Loligo opalescens | 8 |
| Loligo pealei | 24 |
| Loligo vulgaris | 2 |
| Lolium multiflorum | 3 |
| Lolium perenne | 17 |
| Lolium rigidum | 3 |
| Lolium temulentum | 3 |
| Lolomyia texana | 1 |
| Lomandra longifolia | 2 |
| Lomandra ordii | 3 |
| Lomatalictus sp. BND-2001 | 2 |
| Lomatia myricoides | 3 |
| Lomatia silaifolia | 2 |
| Lomatophyllum purpureum | 2 |
| Lomentaria catenata | 2 |
| Lomentaria hakodatensis | 2 |
| Lonchitis hirsuta | 3 |
| Lonchitis mannii | 2 |
| Lonchocarpus capassa | 1 |
| Lonchocarpus eriocarinalis | 2 |
| Longipeditermes longipes | 1 |
| Lonicera nervosa | 2 |
| Lonicera orientalis | 3 |
| Lonicera reticulata | 2 |
| Lonomia achelous | 1 |
| Loofah witches'-broom phytoplasma | 3 |
| Lopa convexa | 2 |
| Lopezia riesenbachia | 2 |
| Lophanthera lactescens | 2 |
| Lophiola americana | 2 |
| Lophius americanus | 4 |
| Lophius piscatorius | 1 |
| Lophocladia trichoclados | 2 |
| Lophocolea heterophylla | 2 |
| Lophoptera sp. | 3 |
| Lophopterys floribunda | 2 |
| Lophopyxis maingayi | 1 |
| Lophosoria quadripinnata | 2 |
| Lophura bulweri | 1 |
| Lophura ignita | 1 |
| Lophura leucomelanos | 2 |
| Lophura nycthemera | 1 |
| Lophuromys sikapusi | 1 |
| Lophyraspis sp. | 1 |
| Loranthophycus californica | 2 |
| Lordsdale virus | 1 |
| Lorentziella imbricata | 1 |
| Lorinseria areolata | 3 |
| Loris tardigradus | 4 |
| Loropetalum chinense | 2 |
| Lorostemon coelhoi | 2 |
| Lotononis galpinii | 3 |
| Lotus corniculatus | 67 |
| Lotus tetragonolobus | 1 |
| Louping ill virus | 3 |
| Loxia curvirostra | 1 |
| Loxocarya gigas | 2 |
| Loxodes striatus | 2 |
| Loxodonta africana | 10 |
| Loxogramme grammitoides | 2 |
| Loxoma cunninghamii | 2 |
| Lozania pittieri | 2 |
| Lucerne transient streak virus | 1 |
| Lucilia cuprina | 15 |
| Lucilia illustris | 1 |
| Lucilia porphyrina | 1 |
| Lucilia sericata | 2 |
| Lucina pectinata | 2 |
| Luciola cruciata | 2 |
| Luciola lateralis | 2 |
| Luciola mingrelica | 1 |
| Luciola owadai | 1 |
| Luculia gratissima | 1 |
| Ludovia integrifolia | 2 |
| Ludwigia hyssopifolia | 2 |
| Ludwigia peploides | 2 |
| Ludwigia peruviana | 2 |
| Luehdorfia japonica | 2 |
| Luetzelburgia sp. Pennington s.n. | 2 |
| Luffa acutangula | 1 |
| Luffa cylindrica | 5 |
| Luffa quinquefida | 2 |
| Luidia foliolata | 1 |
| Lumbricus bimastus | 1 |
| Lumbricus castaneus | 1 |
| Lumbricus rubellus | 12 |
| Lumbricus terrestris | 9 |
| Lumpy skin disease virus | 19 |
| Lunaria annua | 1 |
| Lunasia amara | 5 |
| Lunularia cruciata | 2 |
| Lupinus albescens | 2 |
| Lupinus albifrons | 2 |
| Lupinus albus | 14 |
| Lupinus angustifolius | 9 |
| Lupinus atlanticus | 2 |
| Lupinus cosentinii | 2 |
| Lupinus densiflorus | 2 |
| Lupinus luteus | 20 |
| Lupinus microcarpus | 2 |
| Lupinus nanus | 2 |
| Lupinus polyphyllus | 6 |
| Luronium natans | 2 |
| Lutra lutra | 2 |
| Lutreolina crassicaudata | 1 |
| Lutzomyia longipalpis | 4 |
| Luxemburgia ciliosa | 2 |
| Luzula multiflora | 5 |
| Luzula parviflora | 1 |
| Luzula sylvatica | 1 |
| Luzuriaga parviflora | 2 |
| Lycaon pictus | 2 |
| Lycaste cruenta | 2 |
| Lychas marmoreus | 1 |
| Lychnothamnus barbatus | 5 |
| Lycianthes rantonnei | 1 |
| Lycium andersonii | 1 |
| Lycium cestroides | 2 |
| Lycium chinense | 2 |
| Lycium pallidum | 2 |
| Lycium sandwicense | 2 |
| Lycodes polaris | 1 |
| Lycodichthys dearborni | 6 |
| Lycopersicon chilense | 3 |
| Lycopersicon esculentum | 300 |
| Lycopersicon esculentum x Lycopersicon peruvianum | 1 |
| Lycopersicon hirsutum | 8 |
| Lycopersicon parviflorum | 1 |
| Lycopersicon pennellii | 5 |
| Lycopersicon peruvianum | 10 |
| Lycopersicon pimpinellifolium | 6 |
| Lycopodiella alopecuroides | 2 |
| Lycopodiella caroliniana | 2 |
| Lycopodiella cernua | 2 |
| Lycopodiella glaucescens | 2 |
| Lycopodiella inundata | 2 |
| Lycopodiella lateralis | 2 |
| Lycopodiella pendulina | 2 |
| Lycopodium alpinum | 2 |
| Lycopodium annotinum | 3 |
| Lycopodium casuarinoides | 2 |
| Lycopodium clavatum | 2 |
| Lycopodium deuterodensum | 2 |
| Lycopodium digitatum | 5 |
| Lycopodium fastigiatum | 2 |
| Lycopodium jussiaei | 2 |
| Lycopodium magellanicum | 2 |
| Lycopodium obscurum | 2 |
| Lycopodium scariosum | 2 |
| Lycopodium sp. BW-2000 | 1 |
| Lycopodium vestitum | 2 |
| Lycopodium volubile | 2 |
| Lycopodium wightianum | 2 |
| Lycoris sanguinea | 2 |
| Lycoris squamigera | 2 |
| Lyellia aspera | 3 |
| Lyginia barbata | 5 |
| Lygodactylus picturatus | 1 |
| Lygodium japonicum | 4 |
| Lygodium lanceolatum | 1 |
| Lygus hesperus | 1 |
| Lygus lineolaris | 4 |
| Lymantor coryli | 1 |
| Lymantria dispar | 7 |
| Lymantria dispar nucleopolyhedrovirus | 15 |
| Lymnaea stagnalis | 31 |
| Lymphocystis disease virus 1 | 12 |
| Lymphoproliferative disease virus | 4 |
| Lynceus tatei | 2 |
| Lyngbya sp. PCC 7419 | 1 |
| Lynx lynx | 2 |
| Lynx rufus | 1 |
| Lyonia ferruginea | 2 |
| Lyonia ligustrina | 2 |
| Lyonia lucida | 2 |
| Lyonia ovalifolia | 2 |
| Lyonothamnus floribundus | 3 |
| Lyophyllum shimeji | 1 |
| Lype diversa | 1 |
| Lysilla pacifica | 1 |
| Lysimachia atropurpurea | 2 |
| Lysimachia azorica | 2 |
| Lysimachia congestiflora | 2 |
| Lysimachia ephemerum | 2 |
| Lysimachia maxima | 5 |
| Lysimachia minoricensis | 5 |
| Lysimachia vulgaris | 4 |
| Lysinema ciliatum | 2 |
| Lysiphlebus fabarum | 2 |
| Lysobacter enzymogenes | 2 |
| Lysobacter lactamgenus | 4 |
| Lysobacter sp. | 2 |
| Lysobacter sp. IB-9374 | 1 |
| Lytechinus pictus | 12 |
| Lytechinus variegatus | 34 |
| Lythrum hyssopifolia | 3 |
| Lythrum salicaria | 5 |
| Lytocaryum weddellianum | 2 |
| Leifsonia xyli | 413 |