| Genome Name | No of Superfamily |
| IC4 retrovirus | 1 |
| Icacina mannii | 1 |
| Icacina senegalensis | 3 |
| Icaridion debile | 2 |
| Ichthyophonus irregularis | 2 |
| Ictalurid herpesvirus 1 | 4 |
| Ictalurus punctatus | 70 |
| Icterus parisorum | 2 |
| Idanthyrsus pennatus | 1 |
| Idesia polycarpa | 5 |
| Idia aemula | 3 |
| Idiocerinae gen. sp. | 2 |
| Idiogaryops paludis | 2 |
| Idiospermum australiense | 5 |
| Igbo Ora virus | 1 |
| Iguana iguana | 4 |
| Iguanura wallichiana | 2 |
| Ijimaia dofleini | 1 |
| Ilex amelanchier | 2 |
| Ilex anomala | 2 |
| Ilex argentina | 2 |
| Ilex brasiliensis | 2 |
| Ilex brevicuspis | 2 |
| Ilex canariensis | 2 |
| Ilex cassine | 2 |
| Ilex collina | 2 |
| Ilex crenata | 5 |
| Ilex decidua | 2 |
| Ilex dumosa | 2 |
| Ilex glabra | 2 |
| Ilex goshiensis | 2 |
| Ilex guianensis | 2 |
| Ilex hippocrateoides | 2 |
| Ilex integra | 2 |
| Ilex latifolia | 2 |
| Ilex laurina | 2 |
| Ilex leucoclada | 2 |
| Ilex liebmannii | 2 |
| Ilex macrocarpa | 2 |
| Ilex macropoda | 2 |
| Ilex maximowicziana | 2 |
| Ilex micrococca | 2 |
| Ilex microdonta | 2 |
| Ilex mitis | 2 |
| Ilex mutchagara | 2 |
| Ilex oppositifolia | 2 |
| Ilex pedunculosa | 2 |
| Ilex perado | 2 |
| Ilex pseudobuxus | 2 |
| Ilex pubescens | 2 |
| Ilex purpurea | 2 |
| Ilex repanda | 2 |
| Ilex revoluta | 2 |
| Ilex rotunda | 2 |
| Ilex rugosa | 2 |
| Ilex serrata | 2 |
| Ilex shennongjiaensis | 2 |
| Ilex sp. Erixon and Bremer 52 | 1 |
| Ilex sp. Qiu 94038 | 1 |
| Ilex sugerokii | 2 |
| Ilex teratopis | 2 |
| Ilex theezans | 2 |
| Ilex triflora | 2 |
| Ilex verticillata | 2 |
| Ilex vomitoria | 2 |
| Ilex yunnanensis | 2 |
| Illicium floridanum | 3 |
| Illicium lanceolatum | 2 |
| Illicium parviflorum | 7 |
| Illigera luzonensis | 2 |
| Ilyanassa obsoleta | 3 |
| Ilyobacter tartaricus | 7 |
| Imantonia rotunda | 2 |
| Imbrasia macrothyris | 1 |
| Imbrasia petiveri | 3 |
| Imbrasia tyrrhea | 1 |
| Imnadia yeyetta | 2 |
| Impatiens arguta | 2 |
| Impatiens balfourii | 2 |
| Impatiens balsamina | 1 |
| Impatiens barbata | 2 |
| Impatiens bicornuta | 2 |
| Impatiens capensis | 3 |
| Impatiens falcifer | 2 |
| Impatiens gordonii | 2 |
| Impatiens hawkeri | 2 |
| Impatiens noli-tangere | 2 |
| Impatiens nubigena | 3 |
| Impatiens occultans | 2 |
| Impatiens parviflora | 3 |
| Impatiens puberula | 2 |
| Impatiens repens | 4 |
| Impatiens subecalcarata | 2 |
| Impatiens sulcata | 2 |
| Impatiens uniflora | 2 |
| Impatiens walleriana | 2 |
| Incilaria fruhstorferi | 1 |
| Incisalia iroides | 1 |
| Indian peanut clump virus H | 1 |
| Indigofera australis | 2 |
| Indirana sp.1 FB-2000a | 2 |
| Indirana sp.2 FB-2000b | 1 |
| Infectious bursal disease virus | 5 |
| Infectious flacherie virus | 1 |
| Infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus | 1 |
| Infectious pancreatic necrosis virus | 1 |
| Infectious salmon anemia virus | 2 |
| Infectious spleen and kidney necrosis virus | 11 |
| Influenza A virus | 80 |
| Influenza B virus | 4 |
| Influenza C virus | 3 |
| Influenza virus | 3 |
| Inia geoffrensis | 6 |
| Invertebrate iridescent virus 6 | 24 |
| Iodes liberica | 1 |
| Ionopsidium abulense | 1 |
| Ipheion dialystemon | 3 |
| Ipheion sessile | 2 |
| Iphiclides podalirius | 2 |
| Iphigenia indica | 5 |
| Ipomoea alba | 4 |
| Ipomoea aquatica | 5 |
| Ipomoea arborescens | 2 |
| Ipomoea batatas | 41 |
| Ipomoea coccinea | 5 |
| Ipomoea cordatotriloba | 1 |
| Ipomoea mauritiana | 3 |
| Ipomoea nil | 19 |
| Ipomoea obscura | 2 |
| Ipomoea pes-tigridis | 5 |
| Ipomoea platensis | 1 |
| Ipomoea purpurea | 6 |
| Ipomoea quamoclit | 5 |
| Ipomoea setosa | 5 |
| Ipomoea tiliacea | 5 |
| Ipomoea trifida | 3 |
| Ipomoea triloba | 1 |
| Ipomoea wrightii | 5 |
| Ips paraconfusus | 2 |
| Ips perturbatus | 1 |
| Ips pini | 2 |
| Irena cyanogaster | 2 |
| Iriartea deltoidea | 5 |
| Iridaea cordata | 2 |
| Iridaea tuberculosa | 2 |
| Iris ensata | 3 |
| Iris forrestii | 2 |
| Iris germanica | 3 |
| Iris hollandica | 3 |
| Iris lutescens | 1 |
| Iris pallida | 1 |
| Iris sp. Qiu 95091 | 1 |
| Iris tectorum | 1 |
| Irpex lacteus | 2 |
| Irvingbaileya sp. Plunkett 1510 | 4 |
| Irvingia malayana | 5 |
| Ischnocentrus niger | 1 |
| Ischnochiton australis | 1 |
| Ischnura posita | 1 |
| Ischnura ramburii | 1 |
| Ischyropsalis luteipes | 2 |
| Iseia luxurians | 5 |
| Isertia laevis | 2 |
| Isertia pittieri | 2 |
| Isla Vista virus | 1 |
| Ismene longipetala | 2 |
| Ismene narcissiflora | 2 |
| Ismene vargasii | 2 |
| Isochrysis galbana | 4 |
| Isochrysis sp. SAG 927-2 | 2 |
| Isoetes amazonica | 2 |
| Isoetes andina | 2 |
| Isoetes bradei | 2 |
| Isoetes coromandelina | 1 |
| Isoetes engelmannii | 3 |
| Isoetes herzogii | 2 |
| Isoetes humilior | 1 |
| Isoetes hystrix | 2 |
| Isoetes kersii | 2 |
| Isoetes kirkii | 2 |
| Isoetes lacustris | 2 |
| Isoetes malinverniana | 2 |
| Isoetes martii | 1 |
| Isoetes melanopoda | 3 |
| Isoetes muelleri | 3 |
| Isoetes novo-granadensis | 2 |
| Isoetes sampathkumarinii | 2 |
| Isoetes savatieri | 2 |
| Isoetes schweinfurthii | 2 |
| Isolepis aucklandica | 2 |
| Isolepis bicolor | 2 |
| Isolepis cernua | 2 |
| Isolepis costata | 2 |
| Isolepis crassiuscula | 2 |
| Isolepis diabolica | 2 |
| Isolepis digitata | 2 |
| Isolepis graminoides | 2 |
| Isolepis habra | 2 |
| Isolepis humillima | 2 |
| Isolepis hystrix | 2 |
| Isolepis inundata | 2 |
| Isolepis inyangaensis | 2 |
| Isolepis keniaensis | 2 |
| Isolepis ludwigii | 2 |
| Isolepis marginata | 2 |
| Isolepis meruensis | 2 |
| Isolepis pellocolea | 2 |
| Isolepis platycarpa | 2 |
| Isolepis producta | 2 |
| Isolepis prolifera | 2 |
| Isolepis rubicunda | 2 |
| Isolepis setacea | 3 |
| Isolepis subtillisima | 2 |
| Isolepis sulcata | 2 |
| Isolepis trollii | 2 |
| Isolepis varians | 2 |
| Isolepis venustula | 2 |
| Isolepis verruculosa | 2 |
| Isoodon macrourus | 3 |
| Isoparorchis hypselobagri | 1 |
| Isophysis tasmanica | 3 |
| Isopogon buxifolius | 3 |
| Isopogon latifolius | 2 |
| Isopterygiopsis muelleriana | 1 |
| Isopterygiopsis pulchella | 1 |
| Isopterygium albescens | 1 |
| Isopterygium minutirameum | 1 |
| Isopterygium tenerum | 3 |
| Isopterygium vineale | 2 |
| Isosphaera pallida | 2 |
| Isotoma klovstadi | 1 |
| Isotomurus fucicola | 5 |
| Isotomurus hadriaticus | 1 |
| Isotomurus maculatus | 1 |
| Isotomurus nebulosus | 1 |
| Isotria verticillata | 2 |
| Isotropis cuneifolia | 2 |
| Israeli tick typhus rickettsia | 2 |
| Israel turkey meningoencephalitis virus | 1 |
| Issatchenkia orientalis | 6 |
| Isthmoplea sphaerophora | 2 |
| Isurus oxyrinchus | 1 |
| Itatiella ulei | 3 |
| Itaya amicorum | 2 |
| Itea ilicifolia | 3 |
| Itea japonica | 2 |
| Itea virginica | 2 |
| Itoa orientalis | 2 |
| Itzaea sericea | 5 |
| Iva frutescens | 2 |
| Ixerba brexioides | 2 |
| Ixia latifolia | 3 |
| Ixiolirion tataricum | 5 |
| Ixodes hexagonus | 1 |
| Ixodes ricinus | 4 |
| Ixodes scapularis | 7 |
| Ixonanthes icosandra | 3 |
| Ixora biflora | 2 |
| Ixora hookeri | 2 |
| Ixora parviflora | 2 |